Als gevolg van zijn verzet tijdens WOII arresteerde de Gestapo pater prof. Brandsma op 19 januari 1942. Via een tocht langs de 'Oranje'-gevangenis in Scheveningen, kamp Amersfoort en de strafgevangenis van Kleef kwam hij tenslotte in het beruchte concentratiekamp Dachau terecht. Ook hier was, aldus latere getuigenissen van voormalige kampgenoten, deze 'alledaagse' mysticus een grote morele, spirituele en daadwerkelijke steun voor zijn medegevangenen.
Na enkele weken vol ontberingen en mishandelingen werd hij - levenslang behept met een wankele gezondheid - uitgeput en doodziek in het kamphospitaal opgenomen. Na wat medische experimenten maakte een kamparts met een dodelijke injectie daar een einde aan zijn leven.

"God is verborgen aanwezig, in iedere mens én in de gehele schepping."